Ο κόσμος βρίσκεται σε κατάσταση απομόνωσης. Η αιτία οφείλεται σε μυστηριώδεις οντότητες βαθέων υδάτων που το ναυτικό έχει ονομάσει «Στόλος Βαθύς Θάλασσας» και την κατάληψη των θαλασσών απομονώνοντας όλες τις χώρες του κόσμου η μία από την άλλη. Αρνούμενοι να κάτσουν άπραγοι και να αφήσουν τον Στόλο Βαθέων Θαλάσσης να έχει τον δρόμο του, όλες οι χώρες του κόσμου συγκεντρώνουν τους πόρους τους για να φτιάξουν ένα νέο όπλο για να τις πολεμήσουν… ένα όπλο που είναι συγκρίσιμο σε ισχύ με αυτό ενός θωρηκτού… και το όνομά του είναι: The Fleet Girls. Θα είναι αρκετό αυτό το νέο όπλο για την καταπολέμηση του Στόλου Βαθέων Θαλασσών; Θα μπορέσει η σημαία που μόλις στάλθηκε στη ναυτική βάση όπου φυλάσσονται τα «Fleet Girls» να βοηθήσει στον αγώνα τους… Μόνο ο χρόνος θα δείξει καθώς αυτός ο πόλεμος εναντίον του Στόλου της Βαθύς Θάλασσας αρχίζει να εκτυλίσσεται.
