Αυτό το manga διαδραματίζεται σε ένα σχολείο όπου οι μαθητές βασίζονται σε διάσημα σογκούν στην Ιαπωνική ιστορία. Ο Sengoku Gakuen ήταν κάποτε σαν ένα κανονικό σχολείο, αλλά ο Oda Nobunaga, ο μαθητής πρόεδρος ανέτρεψε τους δασκάλους και ουσιαστικά τους έκανε ανίσχυρους. Έφτιαξε ένα σχολείο των μαθητών, για τους μαθητές και από τους μαθητές. Ο Nobunaga τελικά αποφοίτησε και άφησε τον Hideyoshi υπεύθυνο ως πρόεδρο των φοιτητών. Ωστόσο, ο Hideyoshi σύντομα εγκαταλείπει το σχολείο για να βοηθήσει τον Nobunaga να κυβερνήσει την Ιαπωνία όπως κυβερνούσε τον Sengoku Gakuen.
Η ιστορία ξεκινάει εδώ καθώς υπάρχει μια μάχη μεταξύ του Ishida Mitsunari, ενός αγχωμένου και συντηρητικού, αλλά εργατικού αγοριού, και του Tokugawa Ieyasu, του προσωρινού προέδρου του σχολείου που έχει πολλούς οπαδούς, που παλεύουν για τη θέση του προέδρου του σχολείου. Βλέπουμε επίσης άλλες διάσημες φιγούρες ως συμφοιτητές, όπως ο Ootani Yoshitsugu που ακολουθεί πιστά τον Mitsunari και την Oichi, τη μικρότερη αδερφή του Nobunaga. Ποιος θα κερδίσει τη θέση του προέδρου του μαθητικού σώματος και θα αναλάβει τη διοίκηση του σχολείου;
