Η ιστορία του Kanon, που διαδραματίζεται στα μέσα του χειμώνα, αφορά μια ομάδα πέντε κοριτσιών που συνδέονται με το ίδιο αγόρι. Ο Yuichi Aizawa, ο κύριος πρωταγωνιστής, είχε επισκεφτεί την πόλη όπου διαδραματίζεται η ιστορία επτά χρόνια πριν από την έναρξη της ιστορίας.
Στην αρχή ο Yuichi είναι πολύ αποκομμένος από την πόλη και τους κατοίκους της. Πριν από την επιστροφή του, αποφασίζεται να μείνει με την ξαδέρφη του, Nayuki Minase, και τη μητέρα της, Akiko. Μετά τη μακρά απουσία του, ο Yuichi έχει ξεχάσει σχεδόν τα πάντα εκτός από μικρές λεπτομέρειες για το τι συνέβη πριν από επτά χρόνια και χρειάζεται να του υπενθυμιστεί τι άφησε πίσω του.
Την επομένη της επιστροφής του Yuichi, είναι έξω με τον Nayuki που του ξεναγεί στην πόλη. Η Nayuki θυμάται ότι πρέπει να αγοράσει πράγματα για δείπνο και ο Yuichi είναι απρόθυμος να πάει μαζί της, υποστηρίζοντας ότι μπορεί να χαθεί. Στιγμές αφότου ο Nayuki τον άφησε να περιμένει στο πεζοδρόμιο, μια παράξενη κοπέλα που ονομάζεται Ayu Tsukimiya μπαίνει σε αυτόν με μικρή προειδοποίηση. Όταν συνήλθε, τον σέρνει σε ένα κοντινό καφέ και ομολογεί ότι έκλεψε κατά λάθος μια τσάντα γεμάτη με taiyaki, αφού την τρόμαξε κατά λάθος ο πωλητής πριν προλάβει να πληρώσει. Στη συνέχεια, ο Yuichi σέρνει τον Ayu πίσω στον πωλητή, και οι δύο ζητούν συγγνώμη για το πρόβλημα και ο Ayu συγχωρείται. Αποφασίζουν να ξανασυναντηθούν μια άλλη μέρα και ο Ayu ξεφεύγει.
Ο Yuichi δεν το γνωρίζει αρχικά, αλλά άλλα τρία κορίτσια που είχε ξεχάσει τον γνωρίζουν. Καθ' όλη τη διάρκεια της ιστορίας, καθώς μαθαίνει για τους υπερφυσικούς τόνους της πόλης, ο Yuichi θυμάται κάθε κορίτσι και τα γεγονότα πριν από επτά χρόνια στη χιονισμένη πόλη.
