Το 2065, η Γη βρίσκεται στο επίκεντρο ενός πολέμου με εξωγήινους πρόσθετων διαστάσεων που ονομάζονται Nova. Οι ένοπλες δυνάμεις αναπτύσσουν και εκπαιδεύουν τις Πανδώρες, κόρες που μπορούν να κάνουν χρήση ειδικού γενετικού ιστού που ονομάζεται Στίγματα (Seikon) για να δείξουν υπεράνθρωπα μαχητικά οπλικά συστήματα και δεξιότητες. Υποστήριξη των Πανδώρων είναι οι άνδρες σύντροφοι που ονομάζονται Limiters, οι οποίοι χρησιμοποιούν συγκεκριμένες δυνάμεις «παγώματος» για να περιορίσουν την ελευθερία του ανταγωνισμού τους.
Οποιοσδήποτε από αυτούς τους περιοριστές είναι ο Kazuya Aoi, του οποίου η αδερφή ήταν Πανδώρα. Η Kazuya συναντά μια ισχυρή Πανδώρα, τον Satellizer el Bridget, με το παρατσούκλι η Untouchable Βασίλισσα, για το σκληρό στυλ της και την ακραία αφοφοβία της, ενώ παρακολουθούσε την Ακαδημία Δυτικής Γενετικής στην Ιαπωνία. Παρά τις προειδοποιήσεις από τους συμμαθητές του να απομακρυνθεί από το Satellizer, γίνεται φίλος με τον Kazuya και ζητά να γίνει ο περιοριστής της. Η Satellizer συναινεί να συναναστραφεί μαζί του, παρόλο που σύντομα πέφτει σε έναν διαγωνισμό ερωτικής σχέσης που ονομάζεται Rana Linchen, η οποία πιστεύει ότι η Kazuya είναι η αδελφή ψυχή της αφού την υποστήριξε σε αρκετούς αγώνες ενάντια σε αντιπάλους του κολεγίου που αλλάζουν θέσεις και μαθήματα. Όταν οι Novas επιτίθενται στο κολέγιό τους χρησιμοποιώντας την Pandoras υπό τον έλεγχό τους για να αποκτήσουν πρόσβαση στο υπόγειο εργαστήριο του ιδρύματος, ο ανταγωνισμός τους ακυρώνεται.
Ο Satellizer και ο Kazuya ενώνουν μερικούς από τους μαθητές της West Genetics σε ένα εργαστήριο στην Αλάσκα, όπου μπορεί να βοηθήσουν μαζί με το έργο Evolution Pandora (E Pandora), επιτρέποντας στις κανονικές γυναίκες να κάνουν μεταμοσχεύσεις Stigmata για να γίνουν Pandora. Όταν ένας από τους E Pandoras τρελαθεί, οι άλλοι αναρωτιούνται εάν τα φάρμακα στον πειραματισμό δεν είναι επικίνδυνα, αλλά γίνονται για να υπακούουν στις επιθυμίες της επιχειρηματικής οργάνωσης καθώς και του διευθυντή. Όταν διαπιστώνει ότι μέχρι να είναι αναλώσιμα, πρόκειται να χρησιμοποιηθούν, το E-Pandora Amelia Evans κατευθύνει μια εξέγερση που κλιμακώνεται σε πλήρη στο Nova Clash.
Ο Καζούγια μαθαίνει περισσότερα για τους δεσμούς της οικογένειάς του με τη Nova καθώς και με την Πανδώρα. Ο παππούς του Kazuya, Gengo Aoi, βρήκε την ίδια δουλειά, η οποία φέρνει τη Rana και τον Satellizer σε μια μοναδική ομάδα με γυναίκες που ονομάζονται Valkyries. Παρόλα αυτά, καθ' όλη τη διάρκεια της δραστηριότητας επίδειξης με την προσαρμοσμένη σχεδίαση Nova που είναι εικονική, οι Πανδώρες βιώνουν αυταπάτες, καθώς και οι ανδρείκελοι Nova γίνονται μια λεγεώνα από 100s Nova που αποδεκατίζουν τη Γενετική. Ο Τζένγκο το αντικρούει απελευθερώνοντας τις Θρυλικές Πανδώρες που είναι οι θείες του Καζούγια. Η προσπάθεια του Chevalier να δολοφονήσει τον Τζένγκο απασχολώντας αρκετούς κατάδικους που ονομάζονται Busters, όταν μερικοί από τους Θρυλικούς Πανδώρες μετατρέπονται σε θανατηφόρους Novas, αλλά η αποστολή καταρρέει.
