Η ιστορία βρίσκεται στο μακρινό μέλλον. Η γη έχει καταστραφεί, και η ανθρωπότητα δημιουργεί το κινητό φυτό της πόλης. Οι πιλότοι που παράγονται μέσα στο Plantation ζουν στο Mistilteinn, γνωστοί επίσης ως «birdcage». Τα παιδιά ζουν εκεί χωρίς να γνωρίζουν τίποτα για τον έξω κόσμο ή την ελευθερία του ουρανού. Οι ζωές τους αποτελούνται από μάχες για την εκτέλεση αποστολών. Οι εχθροί τους είναι μυστηριώδεις τεράστιες μορφές ζωής γνωστές ως Kyōryū, και τα πιλοτικά ρομπότ των παιδιών κάλεσαν τον Franxx για να αντιμετωπίσουν εναντίον τους. Για τα παιδιά, η οδήγηση του Franxx αποδεικνύει την ύπαρξή τους.
Ένα αγόρι με το όνομα Χίρο ονομάζεται Κωδικός: 016 και ήταν κάποτε γνωστός ως θαύμα. Ωστόσο, έχει μείνει πίσω και η ύπαρξή του φαίνεται περιττή. Η μη πλοήγηση ενός Franxx είναι το ίδιο με το να παύει να υπάρχει. Μια μέρα, ένα μυστηριώδες κορίτσι γνωστό ως "Zero Two" εμφανίζεται μπροστά του. Δύο κέρατα μεγαλώνουν από το κεφάλι της.
