Το Last Order ξεκινά όταν η νανοτεχνολογία του Desty Nova ανασταίνει την Alita στην πλωτή πόλη Tiphares. Τα μαύρα μυστικά της πόλης αποκαλύπτονται μοχθηρά, αλλά φαίνεται να είναι ένα μικρό μέρος ενός κόσμου που είναι περίπλοκος. Πηγαίνοντας στο διάστημα με παλιές και νέες εταιρείες για να μάθει περισσότερα για το ξεχασμένο παρελθόν της και εξίσου, για να αναζητήσει τον χαμένο της φίλο Lou Collins, η Alita παγιδεύεται σε μια διαπλανητική μάχη μεταξύ των κύριων δυνάμεων του ηλιακού συστήματος που αποικίστηκε. Στο δρόμο, σχηματίζει συμμαχία με τρεις από τις Alita Replicas που έχουν αρχίσει να πιστεύουν μόνοι τους, έναν κακόγουστο superhacker και τον ίδιο τον Nova όταν μπαίνει στο Zenith of Things Tournament (ZOTT), έναν αγώνα μάχης που διεξάγεται κάθε 10 χρόνια. Συμπεριλαμβανομένου του τρόπου με τον οποίο εμφανίστηκε η Γη από έναν κατακλυσμικό χειμώνα που εξαφάνισε την πλειοψηφία του κοινού σε όλη τη διάρκεια της αφήγησης, παρουσιάζεται περισσότερη ιστορία σχετικά με το σκηνικό του Battle Angel Alita που δεν είχε αποκαλυφθεί στην προηγούμενη σειρά.
