Κάθε 30 χρόνια, μια νέα πριγκίπισσα επιλέγεται από την οικογένεια Hime για να υπηρετήσει τους Hayagami. Ήρθε πάλι η ώρα, αλλά τα τελευταία χρόνια, τα αρχεία αναφέρουν ότι δεν έχει γεννηθεί ούτε ένα θηλυκό, εκτός από ένα, την 15χρονη Arata. Το μόνο πρόβλημα είναι ότι ο Arata είναι στην πραγματικότητα αρσενικό! Αναγκασμένος να μεταμφιεστεί και να πάρει τη θέση της υποψήφιας πριγκίπισσας μέχρι να βρεθεί μια επίσημη, παρευρίσκεται στο φεστιβάλ μόνο για να δει τη δολοφονία της σημερινής πριγκίπισσας, Kokuri-hime, και η ίδια του η ζωή χάνεται επίσης, από τα χέρια της προσωπικής φρουράς της πριγκίπισσας, του 12 Shinshou. Καθώς τρέχει για να σώσει τη ζωή του, ο Kannagi των 12 πείθει τους πάντες ότι ο Arata είναι αυτός που έχει δολοφονήσει την πριγκίπισσα, και τώρα όλοι στην Αυτοκρατορική Αυλή κυνηγούν το κεφάλι του! Στη συνέχεια μεταβαίνουμε στον Arata, έναν 15χρονο μαθητή από τη σύγχρονη Ιαπωνία που έχει απίστευτες αθλητικές ικανότητες αλλά μαστίζεται από νταήδες. Αφού το Arata από την αρχαιότητα τρέχει σε ένα μυστηριώδες δάσος και το Arata από τη σύγχρονη εποχή τρέχει σε ένα δρομάκι, οι δυο τους παίρνουν μυστηριωδώς τη θέση του άλλου.
